也许是为避免《原理》中内容遭到误解，在第二版和第三版出版时，牛顿在第三卷中增加了一部分，题为“研究哲学的规则”。其中牛顿提出了四条规则，说明了他所用于研究解释未知现象的方法论。

四条原则如下（推理哲学哲学推理四条原则的规则）：

规则1：我们是承认的自然的东西没有更多的原因，比如都为真，并不足以解释他们的appearances.求自然事物之原因时，除了真的及解释现象上必不可少的以外，不当再增加其他。

规则2：因此，以相同的自然效果，我们必须尽可能，分配相同的原因，所以在可能的状况下，对于同类的结果，必须给以相同的原因。

规则3：身体的素质，这既不承认也不集约化程度的缓解，而被发现属于在我们的实验范围的所有机构，都必须尊重所有机构的普遍素质whatsoever.物体之属性，倘不能减少亦不能使之增强者，而且为一切物体所共有，则必须视之为一切物体所共有之属性。

规则4：在实验哲学，我们的眼光来看待命题从一般现象归纳推断为准确或非常接近真实的，不承受任何相反hypothes是可以想像的，直到其他的现象时有发生，例如时间，通过它们可以是更加准确，或有可能exceptions.在实验哲学内，由现象经归纳而推得的定理，倘非有相反的假设存在，则必须视之为精确的或近于真的，如是，在没有发现其他现象，将其修正或容许例外之前，恒当如此视之。

牛顿四规则显然是受了两位培根的科学思考四禁忌，尤其是笛卡尔科学方法四戒律的影响。牛顿明确地将奥坎姆剃刀原则作为自己的科学方法的第一条，而第二条、第三条规则具有明显的古希腊演绎哲学体系的痕迹，第四条则是文艺复兴时期产生的系统实验和归纳法在科学研究中的不可或缺的重要地位的明确宣言。