欧盟在东扩后的内部整合进程中，不可避免地出现了一些问题，这些问题有些是在人们的意料之中，有的则使整合中出现的新问题。从大的方面讲，主要存在以下几方面的问题。

 机构改革问题：民主与集中的矛盾

欧盟机构改革的问题一直存在，因为现行的机构运行模式是在上个世纪50年代欧共体成立时建立的模式，随着欧共体/欧盟的不断扩员，它已经远远不能满足现实的需要了，这就意味着必须对现有机构及其运行机制进行改革，否则，欧盟扩员的初衷就难以实现。但是，随着成员国的增加，特别是这次东扩一下子就增加了十个成员国，这就使得在讨论欧盟机构改革方案时出现众口难调的局面，毕竟各个国家更多的关注的是本国的利益。欧盟机构改革的难点在于民主与集中的矛盾。成员国数量的增加必然使利益相关者的数量增加，按照民主原则，这些国家都拥有平等的表达自己观点维护自身利益的权利。但这样以来，必然带来联盟机构的运做效率低下的问题，这对更好地发挥欧盟在世界上的影响是极为不利的，这也是改革推进缓慢的症结所在。