植物分子系统学（plant mo1ecular systematics）是分子生物学与植物系统学交叉形成的一门学科，它利用分子生物学的各种实验手段获取各类分子性状，以探讨植物的分类、类群之间的系统发育关系、进化的过程和机制等。对于“植物分子系统学”中的“分子”一词的理解，广义的包括核酸和蛋白质的大分子资料，狭义的只包括核酸的资料(王中仁，1998)。

分支系统学(cladistics)是由德国昆虫学家Henning M D于20世纪60年代发展起来的用于重建系统发育的方法学，有时被译为分支分类学或支序学。随着分支系统学理论的不断充实完善、相应计算机程序的编制完成、新证据特别是分子系统学证据的不断积累，用分支系统学方法准确地重建系统发育已变得现实可行，因而该方法也越来越被人们所接受。

分支系统学研究的基本步骤及方法：

1、确定研究对象（分类群）

2、确定性状（生物的特征）

3、确定性状极性

4、分支分析

5、分支图可靠性的评价